Keskkonnatoksikoloogia Laboratooriumi, KTL (endine Molekulaargeneetika Laboratoorium, nimi muudetud 23. nov. 2012), juhataja Dr. Anne Kahru, uurimistöö toimub KBFI strateegiaprogrammide ‘In vitro toksikoloogia ja 3R’, ‘keskkonnakeemia’ ning ‘makromolekulaarsed vastasmõjud’ raames. Lisaks alusuuringutele pööratakse tähelepanu ka rakendusuuringutele, mis on suunatud teadustöö tulemuste rakendadamisele keskkonna- ja/või tervishoius. KTL teadlaste uurimistöö kõrge taseme ja rahvusvahelise tunnustuse tulemusena osaletakse mitmetes EL ja muudes rahvusvahelistes koostööprojektides ja koostöövõrgustikes.
Tihe koostöö KBFI ja Tallinna Tehnikaülikooli, Tartu Ülikooli ja Eesti Maaülikooli teadlaste vahel kajastub kraadiõppurite kaasjuhendamises ja nende kaasamises KBFI uurimisprojektidesse.
KBFI KTL laborikorpuse remont ja teadusaparatuuri uuendamine 2006.a. tagab veelgi paremad uurimistöö tingimused molekulaarbioloogia, mikrobioloogia, rakukultuuride, mikroobibiotehnoloogia ja ökotoksikoloogia valdkondades. Kuna sama katuse all asuvad ka keemia- biokeemia- ja füüsika-tagapõhjaga tippteadlased koos vastava uurimisala infrastruktuuriga, siis on KBFIs head võimalused erinevate teadusalade piirialadel toimivaks koostööks.
